Don Juan, como es cariñosamente recordado por muchos, murió el 1 de noviembre de 2001, en Santo Domingo. Como expresidente, recibió los honores correspondientes en el Palacio Nacional, y fue enterrado en su ciudad natal de La Vega. Hasta la fecha, se le recuerda como un hombre de principios. Con los años, como su suerte subía y bajaba, su dirección política osciló violentamente. Él mismo se describió como una persona "no-comunista" y amigo de Fidel Castro, y le dijo a un entrevistador en 1988 que nunca había sido marxista. Su legado en la política es más que relevante: sus ideales, todavía son valorados a la hora de referirse a la buena administración pública. Muchos creen que la República Dominicana habría prosperado tanto económica como políticamente, sin ayuda de EE.UU. y que el gobierno de Bosch había sido capaz de defenderse de las manifestaciones y presiones encubiertas de la administración de Johnson, de llevar a cabo todas las reformas que propuso. Las contribuciones del profesor Bosch a la literatura a través de sus relatos, novelas, cuentos y ensayos lo convirtieron en un modelo a seguir para varias generaciones de escritores, periodistas e historiadores. En un momento dado, el Premio Nobel Gabriel García Márquez dijo una vez que Bosch había sido una de sus mayores influencias.