Ha habido mucha discusión sobre el papel de Balaguer durante la Era de Trujillo. A lo largo de las tres décadas de trabajo como político trujillista, Balaguer fue visto alternativamente tanto como empleado del régimen y como un distinguido colaborador cercano a Trujillo. A pesar de que Trujillo disfrutaba humillando e insultando a sus sirvientes en público, el dictador jamás trató de degradar a Balaguer. Balaguer reciprocó ese respeto hacia Trujillo durante los treinta años de dictadura como uno de los colaboradores más eficientes del régimen, sin parecer perturbado ni mostrar el menor gesto de disgusto por los excesos y aberraciones que eran comunes en aquella época. Balaguer fue, sin duda, un ministro útil de Trujillo.
