Segundo mandato presidencial (1966-1978), "Los doce años"
Balaguer trató de apaciguar a los supervivientes antitrujillistas y a los de la guerra civil de 1965, pero los asesinatos políticos continuaron siendo frecuentes durante su administración. Tuvo éxito en parte la rehabilitación de las finanzas públicas, que estaban en un estado caótico, e impulsó un modesto programa de desarrollo económico.
Durante los tres primeros meses de instalado su segundo gobierno, la Asociación Dominicana de Derechos Humanos, declaró que había recibido quejas. Con la anuencia de sectores del gobierno se inició en el país la Operación Chapeo con la finalidad de exterminar los remanentes izquierdistas sobrevivientes al conflicto de abril del 65.
En noviembre de 1969 un grupo de mujeres anunció la formación del Comité de madres, esposas y familiares de los muertos y desaparecidos, donde dieron a conocer un listado de muertos y desaparecidos, y revelaron que en los tres primeros años del gobierno de Balaguer, 366 personas fueron muertas o desaparecidas por causas políticas.
Con la abstención electoral del Partido Revolucionario Dominicano, debido a la represión política y a la participación de las Fuerzas Armadas en las actividades proselitistas, Balaguer fue reelegido para el periodo 1970-1974.
El 1 de enero de 1971 designó al general Enrique Pérez y Pérez como jefe de la Policía Nacional. Varias semanas después hizo su aparición en las calles de Santo Domingo un grupo autodenominado Frente Democrático Anticomunista y Antiterrorista, mejor conocido como La Banda Colorá, un grupo de jóvenes reclutados por el gobierno de Balaguer con fines de represión. Durante esa época fueron asesinados numerosos dirigentes de la izquierda dominicana.
Durante este segundo mandato de gobierno (conocido popularmente en la política dominicana simplemente como los 12 años), Balaguer incentivó la construcción de escuelas, hospitales, presas, carreteras, y muchos edificios importantes. Los proyectos también se utilizaron como medio para recompensar a sus partidarios políticos con lucrativos contratos de obras públicas, los favorecidos en dichos contratos se conocen como los 300 millonarios. También presidió un sistema de crecimiento económico estable. Sin embargo, su administración pronto desarrolló un modelo autoritario, a pesar de las garantías constitucionales. A pesar de sus métodos autoritarios, Balaguer tenía mucho menos poder que Trujillo, y su gobierno era más suave.
La sensación de que en la República Dominicana había un híbrido de dictadura y democracia, y con más rasgos de la primera que de la segunda, se reprodujo en las elecciones del 16 de mayo de 1974, cuando el Partido Revolucionario Dominicano y los otros partidos signatarios del denominado Acuerdo de Santiago retiraron a su candidato Antonio Guzmán, por considerar que no se daban las mínimas garantías y como protesta por los desafueros de los paramilitares balagueristas. En estas circunstancias, Balaguer sólo compitió con un rival, el contraalmirante Luis Homero Lajara Burgos, del Partido Popular Demócrata (PPD). Balaguer obtuvo el 84,7% de los votos, y su partido ganó mayoría en el congreso donde la abstinencia alcanzó el 50%.
Una coyuntura favorable en los precios internacionales del azúcar, el auge del turismo estadounidense, las inversiones privadas foráneas, y los programas de obras públicas produjeron una fase de expansión económica, favoreciendo la emergencia en la sociedad dominicana de clase media. Balaguer eludió siempre su responsabilidad en los crímenes cometidos por La Banda Colorá y otras irregularidades vinculadas con las Fuerzas Armadas, siempre achacó la violencia política a sectores incontrolados del oficialismo y a la subversión de izquierdas, cuya verdadera fuerza exageró enormemente.
También, incumplió las promesas sobre la reforma agraria, ya que la pequeña minoría de propietarios autóctonos y las compañías estadounidenses continuaban poseyendo la mayoría de las tierras cultivables y las de mejor calidad. Pero cuando anunció su intención de optar a un cuarto mandato consecutivo en las elecciones del 16 de mayo de 1978, y con un fondo de deceleración económica, el repudio popular alcanzó tal calibre que la derrota en las urnas ante el PRD se antojó inevitable. Balaguer se enfrentó a Antonio Guzmán del Partido Revolucionario Dominicano, pero cuando los resultados electorales mostraron una tendencia en favor de Guzmán, el ejército detuvo el conteo. Sin embargo, en medio de enérgicas protestas en el país y una fuerte presión en el extranjero por parte de Jimmy Carter, el conteo se reanudó. Cuando se dieron los resultados, Guzmán dio a Balaguer la primera derrota de su carrera política. Cuando Balaguer dejó el cargo, fue la primera vez en la historia de la República Dominicana que un presidente en ejercicio tranquilamente cede el poder a un miembro elegido de la oposición.
Para 1984, el Partido Reformista se fusiona con el Partido Revolucionario Social Cristiano, formando así el Partido Reformista Social Cristiano (PRSC).
