Balaguer comenzó su carrera política en 1930 (antes de que Trujillo tomara el control del gobierno), cuando fue nombrado Fiscal. Luego de que se inscribiera en el Partido Dominicano y así pasó a formar parte del círculo de los colaboradores cercanos del dictador Rafael Leonidas Trujillo. Durante la época de Trujillo se desempeñó como Secretario de la Legación Dominicana en Madrid (1932-1935), Subsecretario de la Presidencia (1936), Subsecretario de Relaciones Exteriores (1937), Embajador Extraordinario en Colombia y Ecuador (1940-43 y 1943-47), Embajador en México (1947-1949), Secretario de Educación (1949-1955), y Secretario de Estado de Relaciones Exteriores (1955-57).