Bosch fue encarcelado por sus ideas políticas, siendo liberado después de varios meses. En 1938, a sabiendas de que el tirano lo quería comprar con un puesto en el Congreso, Bosch logró salir del país y se estableció en Puerto Rico.
En 1939, se trasladó a Cuba, donde dirigió una edición de las obras completas de Eugenio María de Hostos, labor que influyó en sus ideales patrióticos y humanistas. En julio de ese año, junto con otros exiliados políticos, fundó el Partido Revolucionario Dominicano, el organismo más activo contra Trujillo fuera de la República Dominicana.
Aunque Bosch simpatizaba con las ideas de izquierda, siempre negó cualquier filiación comunista. Colaboró con el Partido Revolucionario Cubano y tuvo un papel importante en la elaboración de la Constitución que fue promulgada en 1940 en Cuba.
En los años transcurridos entre 1940 y 1945 se destacó como uno de los más notables escritores de cuentos de la región y laboró activamente en la formación de un frente antitrujillista encabezado por el Partido Revolucionario Dominicano.
Bosch fue de los principales organizadores de la conspiración de 1947 que partiría desde Cayo Confites, en la costa cubana, para derrocar la dictadura de Trujillo. La expedición fracasó y Bosch tuvo que huir a Venezuela, donde continuó su campaña contra Trujillo. Tiempo después regresó a Cuba, por exigencia de sus amigos en el Partido Revolucionario Auténtico, donde desempeñó un papel notorio en la vida política de La Habana, siendo reconocido como promotor de la legislación social y autor del discurso pronunciado por el presidente Carlos Prío Socarrás, cuando el cuerpo de José Martí fue trasladado a Santiago de Cuba.
En 1947, en una visita a México, estuvo a punto de ser víctima de un atentado ordenado por Trujillo. Esta trama fue abortada por Joaquín Balaguer, quien en el futuro se convertiría en su archirrival político. Balaguer, que en ese momento ejercía como embajador en México, advirtió a las autoridades de dicho país dándoles detalles del plan del tirano.6
Al mismo tiempo, su carrera literaria fue en ascenso, obteniendo importantes reconocimientos como el Premio Hernández Catá en La Habana, el cual se otorgaba a los cuentos escritos por autores de América Latina. Sus cuentos tenían un hondo contenido social. Algunos ejemplos son "La Noche Buena de Encarnación Mendoza", "Luis Pie", "Los Maestros" y "El indio Manuel Sicuri", todos ellos descritos por la crítica como obras maestras del género.
Cuando Fulgencio Batista dirigió un golpe de Estado contra Prío Socarrás y asumió la presidencia en 1952, Bosch fue encarcelado por las fuerzas de Batista. Después de ser liberado, se fue de Cuba y se dirigió a Costa Rica, donde dedicó su tiempo a tareas pedagógicas y a sus actividades como líder del PRD.
En 1959, con el advenimiento de la Revolución Cubana, dirigida por Fidel Castro, se produjo un fuerte cuestionamiento político, económico y social en los países del Caribe. Bosch, con instinto certero, percibió el proceso histórico que se iniciaba y escribió una carta a Trujillo, el 27 de febrero 1961, donde le decía al dictador que su papel político, en términos históricos, había concluido en la República Dominicana.